Am 30. April 2007 wurde der Verein Schülerforschungszentrum Lörrach-Dreiländereck e.V. von 17 Gründungsmitgliedern ins Leben gerufen. Der Verein hat den Zweck, die Wirtschaft und Forschung und die Bildung junger Menschen zu fördern. Er übernimmt die Trägerschaft für das phaenovum. Der Verein ist aus steuerlicher Sicht als gemeinnützig anerkannt.
Die Koordination und der Aufbau des Vereines erfolgten durch die Innocel Innovations-Center Lörrach GmbH (heute WFL Wirtschaftsförderung Lörrach GmbH).
Das Schülerforschungszentrum enstand aus einem Zusammenschluss der Physik AG des Hans-Thoma-Gymnasiums, des IT-Seminars Lörrach (Innocel und Steinbeis-Transferzentrum Embedded Design und Networking) und mit Unterstützung des trinationalen BioValley College Networks.
Die Projektförderung der Europäischen Union im Rahmen von INTERREG IV vom 1. März 2009 bis 30. November 2012 mit einer Fördersumme in Höhe von 1,06 Mio. Euro machte den Aufbau des phaenovums als trinationales Netzwerk und die Erweiterung um den Neubau des phaenovums erst möglich. Projektträger war dabei die Stadt Lörrach, die Projektleitung lag bei der Innocel Innovations-Center Lörrach GmbH.
2017 feierte das phaenovum Schülerforschungszentrum sein 10-jähriges Bestehen und ist mittlerweile ein wichtiger Akteur der Bildungslandschaft in der Region geworden. Mit zahlreichen Mitgliedern und nutzenden Schülerinnen und Schülern leistet das phaenovum einen wesentlichen Beitrag zur Fachkräfte- und Nachwuchsförderung in den sogenannten MINT-Berufen.
Das phaenovum ist nach AZAV seit 2014 zertifiziert und kann somit Maßnahmen für die Agentur für Arbeit durchführen.
In der Vorstandsitzung am 25. September 2024 hat der Vorstand das Leitbild und ein pädagogisches Konzept verabschiedet. Beide Strategiepapiere geben die Leitlinien und Ziele des Schülerforschungszentrums in der Bildungs- und Jugendarbeit wieder. Die Dokumente sind unter Downloads zu finden.